Nascido em Pelotas (RS), Emerson começou no Grêmio. Foi destaque na Copa do Brasil de 1994, mas uma lesão no começo do ano seguinte o impediu de participar da conquista da Libertadores. Em 1996 e 1997, ganhou Gauchão, Recopa, Brasileiro e Copa do Brasil. Participou das Copas de 1998 e 2006. Em 2002, era o capitão do time, mas lesionou-se na véspera da estreia na competição.